Le tribunal administratif a été saisi d’une requête, introduite par l’association UDVN-FNE 83, l’association Toulon Var Déplacements et un particulier, tendant à l’annulation de l’arrêté du 26 juillet 2019 par lequel le préfet du Var a accordé à la Métropole Toulon Provence Méditerranée une autorisation environnementale dans le cadre de la réalisation du pôle d’échanges multimodal de la Seyne-sur-Mer.Par un premier jugement du 29 janvier 2021, le tribunal a relevé plusieurs irrégularités relatives à l’insuffisance du dossier de demande d’autorisation environnementale et à l’absence de délivrance par le préfet de la dérogation à l'interdiction de destruction d’espèces végétales non cultivées et de leurs habitats, prévue à l'article L. 411-2 du code de l'environnement, alors que la réalisation de ce projet emportait la destruction de plusieurs centaines de pieds d’une de ces espèces protégées, l’Alpiste aquatique.Le tribunal a dès lors décidé de mettre en œuvre les pouvoirs qu’il tient de la loi pour surseoir à statuer le temps de la régularisation des irrégularités retenues et a donné six mois au préfet du Var pour permettre, le cas échéant, la régularisation de cet arrêté.A la suite d’une enquête publique complémentaire, organisée du 18 mai au 16 juin 2021, le préfet du Var pris un arrêté modificatif le 26 juillet 2021, tendant à la régularisation de l’arrêté du 26 juillet 2019, qui a également été contesté par les requérants.Le tribunal a fait droit à la requête.Il a retenu le moyen tiré de la violation de l’article L. 411-2 du code de l’environnement qui prévoit qu’un projet de construction susceptible d’affecter la conservation d’espèces animales ou végétales protégées et de leurs habitats ne peut être autorisé, à titre dérogatoire, que s’il répond, par sa nature et compte tenu des intérêts économiques et sociaux en jeu, à une raison impérative d’intérêt public majeur, s’il n’existe pas d’autre alternative au projet et si la dérogation ne nuit pas au maintien, dans un état de conservation favorable, des populations des espèces concernées dans leur aire de répartition naturelle.Le tribunal a jugé que malgré l’intérêt public de ce projet, qui s’inscrivait dans le cadre du plan de déplacement urbain de la Métropole Toulon Provence Méditerranée, et qui avait pour objectif notamment de relier le site du technopôle de la Mer à la gare de la Seyne-sur-Mer, de faciliter le transit vers le réseau ferroviaire, et de réduire le temps de parcours des camions, celui-ci ne répondait pas à une raison impérative d’intérêt public majeur, notion appréciée strictement par la jurisprudence du Conseil d’Etat.Le tribunal a ensuite considéré qu’eu égard à sa portée, le vice tiré de ce que l’autorisation de dérogation n’était pas justifiée par une raison impérative d’intérêt public majeur ni par l’un des autres motifs mentionnés au 4° du I de l’article L. 411-2 du code de l’environnement n’était pas susceptible d’être régularisé et a annulé l’autorisation environnementale dans son ensemble.Il a enfin enjoint à la Métropole de remettre le site en état.